ほくほく線には上越新幹線と接続して越後湯沢駅と北陸地方の各都市を結ぶ特急「はくたか」が運行されている。1997年に
ほくほく線が開業して以来、富山県・石川県方面と関東方面を鉄道で移動する場合は、本路線を通る特急「はくたか」と上越新幹線を越後湯沢駅で乗り継いで利用する方法が最も短時間であることが多い。
日本の地方私鉄は全国的に赤字になっている路線も多いが、
ほくほく線は毎年数億円の黒字となっており、地方の鉄道会社の路線としては利益の大きい部類に入る。全体の9割が特急による収益で普通列車の収益は全体の1割にも満たない。
2001年度の営業収支率は73.0%であり、第三セクター鉄道の中では経営状態は良好であるが、2014年度に北陸新幹線の長野駅 - 金沢駅間が延伸開業する際に、利用者が新幹線へ大幅に移行することが確実視されており、沿線利用者の確保や活性化が課題となる。
踏切が両端の起点・終点にあたる犀潟駅付近と六日町駅付近に各1か所あるのみで他の区間にはないことが高速走行を支えており、特急は在来線では日本一速い最高速度160km/hで運転される。また、普通列車は高速・高加減速性能を持つ車両（最高110km/h）で運転され、駅構内を除き全線単線である
ほくほく線内で、後続の特急に追いつかれることを極力防ぐダイヤが設定されている。それでも速度差があるため、
ほくほく線内で追い越しが行われる場合もあるが、駅以外にも、トンネルの中で特急列車が普通列車を追い越すことが可能な信号場が線内に3箇所存在する。なお、トンネル内に追い越し設備があるのは、高速で走行できるようにできるだけ線形を直線に近くした結果、トンネル区間の割合が多くなったためだが、沿線は豪雪地帯であることから、雪によるポイントの不転換、待避停車中のパンタグラフへの着雪を防止するといったメリットもある。
起点・終点駅である六日町駅・犀潟駅と十日町駅以外は、すべて無人駅である。
